Xərçəng araşdırmalarına ayrılan federal vəsaitin azalması Con Quackenbush üçün nəticələr yaratdı

BOSTON — Harvard Universitetinin T.H. Çan İctimai Səhiyyə Məktəbində yerləşən Con Quackenbushun laboratoriyasındakı ofislər bir zamanlar postdoktorantura tələbələri, aspirantlar və təcrübəçilərlə dolu idi. Burada gənc alimlər dünyanın ən qabaqcıl hesablama biologiyası tədqiqatları üzərində çalışır, yeni kəşflərə və Milli Xərçəng İnstitutunun 2024-cü ilin ən mühüm nailiyyətləri arasında qeyd etdiyi geniş istifadə olunan böyük verilənlər alətlərinin yaradılmasına rəhbərlik edirdilər. Bu gün ofislər boş kompüter bölmələrinin sıralarıdır. Hər bir stansiyadakı monitor mötərizələri ağarmış mərcanlar kimi havada asılı vəziyyətdədir. Quackenbush və onun laboratoriyasına zərbə vuran fəlakət bu ilin əvvəlində, Trump administrasiyası ölkə daxilindəki tədqiqat proqramlarını maliyyələşdirən vəsaitləri sürətlə azaltmağa başlayanda baş verdi. ## Maliyyə Kəsintilərinin Təsiri Onun laboratoriyası, o vaxtdan bəri üzməkdə çətinlik çəkən yüzlərlə laboratoriyadan biridir. Universitetlər, yaxın gələcəkdə Milli Səhiyyə İnstitutunun maliyyələşməsinə daha da dərin kəsintilər edilməsi təhlükəsi ilə üzləşərək, yardımçı işçiləri ixtisar etdi, işə qəbulu azaltdı və daha az aspirant və elmi işçi qəbul etdi. Uzun illərdir Quackenbushun laboratoriyası insan genetikası tədqiqatları və bioinformatikanın ön cərgəsində olmuşdur. Laboratoriya tərəfindən hazırlanmış hesablama alətləri alimlərə genlərin necə idarə olunduğunu və xərçəngdən tutmuş autizmə qədər xəstəliklərdə işlərin necə səhv getdiyini anlamağa kömək edir və alimlərə hüceyrə biologiyası və genetikanı daha dərin, daha mürəkkəb səviyyədə modelləşdirməyə imkan verir. Texas A&M Health-də xərçəng tədqiqatçısı olan Kenneth Ramosun sözlərinə görə, "dünyanın ən nüfuzlu laboratoriyalarının" bir çoxu məhz buna görə Quackenbush ilə əməkdaşlıq etməyə meyllidir. Bu ilki məlumata görə, Quackenbushun işləri heyrətamiz 100.000 sitat alıb. ## Alimin Fəaliyyəti Ramos deyir: "Con son 25 ildə genom sahəsində çalışan ən təsirli bioinformatiklərdən biri olub. O, hazırladığı bir çox resursu ictimaiyyətə açıq şəkildə təqdim etdi. O, parlaq, maraqlı və elmi sualların dərinliklərinə nüfuz edir. Və o, xeyirxahdır, təsəvvür edə biləcəyiniz ən mehriban insandır." Quackenbush müəyyən qədər problem gözləyirdi. Donald Trump 2024-cü il prezident seçkilərində qalib gələndə Quackenbush yeni təlimçiləri işə götürməyi dayandırmaq qərarına gəldi. O, STAT-a verdiyi müsahibədə dedi: "Mən Project 2025 sənədlərini oxudum. Bilirdim ki, biotibbi tədqiqatlar hədəfdədir". Əgər elmi maliyyələşmə ilə bağlı bir şey baş verərsə, əlində olan dollarları mümkün qədər uzada biləcəyinə əmin olmaq istəyirdi. "Mən ehtiyatlı olmağa çalışaraq, nə baş verəcəyini bilməyərək geri çəkildim" dedi. "Və pul indi demək olar ki, yoxdur." ## Qrantların İtkisi Böyük bir itki aprel ayında baş verdi, Quackenbush, keçən il ərzində bir çox başqa alimlər kimi, asılı olduğu bir tədqiqat proqramının bitdiyini öyrəndi. O, tibbdə cins və gender fərqlərini öyrənmək üçün qrant almaq üçün müraciət etmişdi, lakin kommunikasiya donmaları və digər pozuntular baxış tarixini gecikdirdi. Sonra, aprelin 4-də qrantın baxış tarixi yoxa çıxdı və proqram rəsmisi Quackenbusha proqramın "artıq administrasiya prioritetlərinə uyğun olmadığına" görə dayandırıldığını söylədi. Sonra Milli Xərçəng İnstitutu (MXİ) Quackenbush üçün bəzi maaşını ödəyən kritik maliyyə mənbəyi olan Görkəmli Müstəntiq Mükafatı proqramına son qoydu. Proqram yeddi illik maliyyələşməni təmin etməli və sənədləşməni minimuma endirməli və ən yaxşı tədqiqatçıları yüksək riskli, yüksək mükafatlı elmə sövq etməli idi. Davam edən mükafatları olanlar hələ də vəsait almağa davam edəcəklər, lakin Quackenbushun mükafatı 2025-ci ildə yeddi ilin sonuna çatdı. O, proqram bitənə qədər yeniləmə ərizəsinin baxış ballarına əsaslanaraq qrantı yeniləməyi gözlədiyini söylədi. Sonra administrasiya ona qrantda qalan dollarları xərcləməyə imkan verəcək heç bir xərcsiz uzadılmanı rədd etdi. ## Laboratoriyanın Daralması Quackenbush deyir: "Bu dağıdıcı idi. Sonra, mən Miçigan gölü üzərində təyyarədə idim və Harvard qrantları üçün kütləvi xitamlar gəldi. Eyni şey idi. Məndə qorxu və narahatlıq hissi var idi". Bu qədər tədqiqat maliyyəsinin itirilməsi ilə işə götürməmək artıq seçim deyil, zərurətdir. Tələbələr məzun olduqca və postdoktorantlar başqa işlərə getdikcə Quackenbushun əvəzinə işə götürməyə pulu yoxdur. Harvardda onilliklər ərzində qurduğu və saysız-hesabsız digər alimlər üçün faydalı olduğu sübut edilmiş tədqiqat proqramı çöküş təhlükəsi ilə üzləşir. ## Şəbəkə Zooparkı Quackenbushun işləri ilə tanış olan əksər alimlər onu metodoloq, hesablama aləti qurucusu kimi tanıyırlar. Son iki onillik ərzində onun laboratoriyası "Şəbəkə Zooparkı" adlanan bir sıra tətbiqlər, gen tənzimləyici şəbəkələrini, hüceyrələrin genlərindən necə istifadə etməsini idarə edən molekulyar qarşılıqlı əlaqə və sistemlərini anlamağa yönəlmiş maşın öyrənmə alətləri yaratdı. İzah etmək üçün Quackenbush, insan orqanizmindəki hər bir hüceyrənin eyni genoma sahib olduğunu qeyd edir. Bir neyronu qaraciyər hüceyrəsindən ayıran şey, birində susdurulmuş və ya aktiv olan müxtəlif genlərdir. Quackenbush deyir: "Lakin fərqli olan budur, niyə fərqli deyillər". Quackenbush təkcə hüceyrələrdə hansı genlərin aktiv və ya susdurulması ilə deyil, həm də genomdakı 20.000-dən çox geni tənzimləyən zülallar olan 1600 transkripsiya faktorundan ibarət olan bu mürəkkəb şəbəkələrlə maraqlanmağa başladı. O dedi: "Bu transkripsiya faktorları təkbaşına və birlikdə genlərin nə vaxt və nə qədər güclü söndürülməsi və yandırılmasını orkestr edir, təkcə bir geni deyil, unikal prosesləri həyata keçirmək üçün birlikdə işləyən genlərin toplularını aktivləşdirir. Bu, çoxdan çoxaya problemidir. Beləliklə, potensial olaraq yüz minlərlə əlaqəsi olan bu mürəkkəb şəbəkəniz var." Bu şəbəkələri modelləşdirmək və öyrənmək alimlərə insan biologiyası və potensial xəstəlik səbəbləri və müalicəsi haqqında daha dərin bir anlayış qurmağa kömək edə bilər. Lakin Texas A&M-dən Ramosun dediyinə görə, belə bir şəbəkəni modelləşdirməyin yeganə yolu Quackenbush və onun laboratoriyasının qurduğu kimi hesablama alətləri vasitəsilədir. Şəbəkə Zooparkındakı hər bir tətbiq PANDA və ya EGRET kimi fərqli bir heyvanın adını daşıyır və alimlərə gen tənzimləyici şəbəkələrinin müxtəlif aspektlərini araşdırmağa kömək edə bilər. Son tətbiqlərdən biri olan PHOENIX alimlərə gen şəbəkələrinin zamanla necə dəyişdiyini daha yaxşı anlamağa kömək edir və insan genomundakı təxminən 20.000 genə qədər ölçülə bilən ilk belə şəbəkə modelidir və MXİ tərəfindən 2024-cü ildə əsas irəliləyiş kimi qeyd edilmişdir. ## BLOBFISH Metodu Quackenbush özünü ilk növbədə alət qurucusu kimi görmür. Onun üçün tətbiqlər bir məqsədə çatmaq vasitəsidir, onu və həmkarlarını maraqlandıran elmi və bioloji sualları ödəmək yoludur. Onu həqiqətən həyəcanlandıran şey, alətlərdən elm etmək üçün istifadə edə bilməsidir. Məsələn, o və hazırkı postdoktorantlarından biri olan Tara Eicher, beyin xərçənginin aqressiv növü olan qlioblastomada iştirak edən müəyyən genlərin bir-biri ilə necə əlaqəli olduğunu və onların kişilər və qadınlar arasında nəticələrdəki müəyyən fərqləri izah etməyə kömək edib-etmədiyini öyrənmək istəyirdilər. Quackenbush dedi: "Tara bu ideyadan yapışdı və heyvan adları paradiqmamızda ən çirkin və ya ən şirin görünüşlü balıq olan BLOBFISH adlandırdığı bir metod hazırladı. Şəbəkələri götürmək və genlərin onların daxilində necə əlaqəli olduğunu tapmaq üçün yaradıcı bir yoldur." Eicher və Quackenbush indi həmin metodu qlioblastomanı öyrənmək üçün istifadə etməyə başlayırlar və BLOBFISH-dən autizmlə əlaqəli genləri də öyrənmək üçün istifadə edirlər. ## Əlçatan Bioinformatika Bütün Şəbəkə Zooparkı alətləri açıq mənbəlidir və alimlərin istifadəsi üçün pulsuzdur və onlar da istifadə etmək üçün nisbətən asandır, Ramos dedi. O dedi: "[Quackenbush] etdiyi şey bioinformatikanı əlçatan etdi. O, onları ağlabatan bioinformatika təcrübəsi olan birinin olduqca asanlıqla qəbul edə biləcəyi kodda yazıb. O, bunu dizaynla etdi." Öz işində Ramos, xərçəngdə dərman müqavimətini necə aradan qaldırmağı daha yaxşı başa düşmək üçün ALPACA adlı Şəbəkə Zooparkı proqramından istifadə etdi. Brigham və Qadınlar Xəstəxanasının həkim alimi Dawn DeMeo kimi digər tədqiqatçılar Şəbəkə Zooparkından digər xəstəliklərdə kəşflər etmək üçün istifadə etdilər. DeMeo və onun laboratoriyasının əsas marağı ağciyər xəstəliklərində, xroniki obstruktiv ağciyər xəstəliyi, astma və ağciyər xərçəngi kimi cins fərqləridir. Şəbəkə Zooparkı tətbiqləri haqqında öyrənməmişdən əvvəl DeMeo, indi üzərində işlədiyi bəzi sualları öyrənməyin qeyri-mümkün olduğunu hiss etdiyini söylədi. DeMeo dedi: "Bir həkim olaraq, kişilər və qadınlar arasında ağciyər xəstəliyində əlamətdar fərqlər olduğunu bilirdim. Genetika və genomika sahəsində tədqiqat aparan biri olaraq, bu suallara cavab vermək üçün hələ də alətlərimiz olmadığını hiss etdim." Quackenbushun laboratoriyası ilə əməkdaşlıq DeMeo-ya bu fərqlərin bəzilərini tapmağa başlamağa imkan verdi. Birincisi, faktiki gen ifadəsi və ya zülalların yaranması kişilərdə və qadınlarda təxminən eyni olsa da, DeMeo və Quackenbush həmin genlərin cinslər arasında necə tənzimləndiyində böyük fərqlər aşkar etdilər. O dedi: "Biz bir çox orqan sistemində eyni nümunəni gördüyümüzə şok olduq". Bu o demək idi ki, gen tənzimləyici şəbəkələr, məsələn, qadınların kemoterapiyaya niyə daha yaxşı cavab verdiyini və ya astmanın niyə yetkinlikdən əvvəl gənc oğlanlarda, yetkinlikdən sonra qadınlarda daha çox yayılmasını anlamaq üçün əsas yol ola bilər. ## Daralan Laboratoriya Quackenbushun laboratoriyasını dəstəkləyən qrantların ya ləğv edilməsi, ya da tezliklə bitməsi ilə bu alətlərin mövcudluğu daha məhdud ola bilər. Birincisi, aspirant və elmi işçiləri işə götürə bilməməsi səbəbindən, yeni növ sualları eyni sürətlə araşdırmaq üçün yeni alətlər hazırlamağa davam etmək üçün sadəcə olaraq insan gücü olmayacaq. Quackenbushun laboratoriyası da alətləri saxlamaq, onların aktual və Python kimi proqramlaşdırma dillərinin ən son versiyaları ilə uyğun olmasını təmin etməlidir. Zaman keçdikcə, bu işi davam etdirəcək laboratoriya üzvləri olmadan Şəbəkə Zooparkı çürüyəcək və DeMeo və Ramos kimi alimlər onlardan istifadə etməyə davam edə bilməyəcəklər. Quackenbush dedi: "R və Python-un yeni versiyası çıxan hər dəfə bütün kodu daxil edib yeniləməliyik. Əks halda o, işləməyəcək." Laboratoriya həmçinin bu resursları onlayn saxlamaq xərclərinin bir hissəsini dəstəkləyir. O dedi: "İndi bu repertuarda 20-dən çox proqram aləti ilə onları saxlamaq çox şey tələb edir." Bir il əvvəl doqquz elmi işçi və aspirant Quackenbush laboratoriyasını təşkil edirdi. İndi o, üç nəfərə qədər azalıb. Laboratoriya görüşləri böyük bir konfrans zalını doldurardısa, indi daha kiçik bir ofisdə görüşürlər. İl ərzində laboratoriyanın kiçildiyini izlədikcə, kiçik bir mərhəmətinin heç kimi işdən çıxarmalı olmadığını söylədi. O dedi: "Mənimlə işləyən bütün bu insanlar yaxşı vəzifələrə keçdilər. Hətta indi mənimlə işləyən elmi işçilərdən biri bu yaxınlarda bir iş üçün müsahibə verdi. İnsanlar böyük şeylərə keçdilər və mən onlarla fəxr edirəm." Yenə də qalan tədqiqatçılar arasında əhval-ruhiyyə düşüb. Qaranlıq bir bulud gedişlərin üzərinə asılmağa başladı. Bir elmi işçi STAT-a laboratoriyanı tərk etmək qərarının bu il federal maliyyə kəsintiləri və akademik elmdə qeyri-sabitlik səbəbindən sürətləndiyini söylədi. Eicher bu il sənaye işi üçün müsahibə verdi, lakin ərizəsini geri götürdü. Yenə də o, özünün doktoranturası üçün maliyyələşmənin bitməsindən narahatdır. Eicher-in iki azyaşlı uşağı var və ailəsi onları dəstəkləmək üçün həm onun, həm də ərinin gəlirinə ehtiyac duyur. O dedi ki, bu da Trump administrasiyasının başlamasından bəri elmin ardınca getmək üçün ABŞ-dan ayrılmaq getdikcə daha cəlbedici olsa da, xaricdə iş tapmağı daha da çətinləşdirir. Eicher dedi: "Hazırkı iqlimi nəzərə alaraq, bir çox insan Avropaya getməkdən danışır. Bu, mənim üçün həqiqətən seçim deyil. Uşaqlarımı başqa bir ölkəyə köçürməyin bu nöqtədə həqiqətən mümkün olduğunu düşünmürəm. Düşünmək üçün çox şey var." Harvardda qalmaq isə nazik buz üzərində gəzmək kimi hiss olunur. Qrant maliyyələşməsinə çox güvənən Harvardın İctimai Səhiyyə Məktəbi, harada bacarsa xərcləri azaldaraq, davamlı olaraq qənaət tədbirlərini artırdı. Biostatistika şöbəsində adi on iki və ya daha çox ilə müqayisədə yalnız dörd yeni fəlsəfə doktoru tələbəsi var. Uzun müddətdir istirahət otağının əsas hissəsi olan daha çox qəhvə təmin edilmir. Eicher dedi: "Bu, fərqli bir hiss verir". "Bu, həqiqətən də mütləq ehtiyacımız olmayan heç bir şey üçün pulumuzun olmadığını göstərir." ## Dünyanın Ən Şanslı İnsanı Hələlik Quackenbush-un qalan laboratoriya üzvlərini və bulud superkompüter xərclərini dəstəkləməyə davam edən qrantlardan hələ də az miqdarda pulu var, lakin bu, əbədi davam etməyəcək. O, laboratoriyanın bu il təxminən 1,2 milyon dollar itirdiyini və ya saxladığını və çox güman ki, çoxsaylı, gələcək illər ərzində təxminən 10 milyon dollar tədqiqat pulunun itirildiyini təxmin edir. Qalan isə may ayında bitən kiçik bir subpodrat, Amazon Web Services-dən bir qrant və "qrant proqramlarımın dayandırılması və Harvardda maliyyələşmənin kütləvi şəkildə dayandırılması və sonradan bərpası arasında yaranan boşluqda düşən MXİ-dən az miqdarda pul"dur, dedi. Oksford Universiteti də daxil olmaqla, digər qurumlar onu işə götürməyə çalışdıqları üçün digər vəzifələri də nəzərdən keçirir. İndiyə qədər heç bir qərar qəbul etməyib və əlavə edib ki, maliyyə paketi laboratoriyanı İngiltərəyə köçürməyi mümkün etməyib. Quackenbush dedi ki, texnologiya startaplarını işindən ayırmaq yollarını tapmaq kimi yeni imkanlar axtararaq laboratoriyanın azalan maliyyəsini idarə edir. O dedi: "Bu, mənə stoik fəlsəfəsini əks etdirən bir şəkildə bağlandığımı öyrətdi. Mən baxıram və deyirəm, "yaxşı, irəli getmək üçün edə biləcəyim başqa bir şey varmı?"" Lakin hətta stoiklər də mübarizə apara bilərlər. Bu ilin əvvəlində illik müayinədə Quackenbush bir neçə zehni sağlamlıq sualını yoxladığını xatırladı. "Depressiyadasınız? Bəli. Həyəcanlısınız? Bəli. Ümidsizsiniz? Bəli. İndi belə çətin bir zamandır" dedi. Onun üçün məyusedici olan şey, ictimaiyyətdə və administrasiyada bir çoxunun onun kimi alimlərin nə etməyə çalışdıqlarını və kim olduqlarını başa düşmədikləri hissidir. "Qavrayışlar hər yerdədir. Biz Harvarddayıq. Biz elitalarıq. Mücərrəd olaraq, alimləri siyasi qurban etmək asandır. Lakin insanlarla danışsanız və nə etdiyinizi izah etsəniz və soruşsanız ki, insanlar xərçəngi müalicə etməyə çalışmaqda maraqlısınızmı, cavab bəlidir" dedi. "Onlardan gündəlik olaraq etdiyimiz şeylər haqqında soruşsanız, cavab həmişə bəlidir, bu vacibdir." Quackenbush təklikdə böyüdü, Pensilvaniya ştatının Dağ Zirvəsi adlanan kiçik bir şəhərində böyüdü. O dedi: "Vilkes-Barre ərazisi, əslində şəhər deyil. Mən heç kim olmamalı idim." Bir orta məktəb şagirdi kimi Quackenbush bir restoranda qabyuyan kimi işləyirdi. Quackenbush dedi: "Bir gün polis basqın etdi və aşpazımızı həbs edib apardılar. Sonra müdirim dedi ki, kimsə yemək bişirməyi bilirmi? Mən dedim ki, suyu qaynadaram və o dedi ki, sən təyin olundun." Sonralar kollecə getmək və restoranın menecer köməkçisi olmaq arasında seçim etmək böyük bir qərar idi. O dedi: "Mənim üçün bu, əldə edə biləcəyimi düşündüyümdən daha çox idi - bir restoranda menecer köməkçisi." Lakin o, Caltech-ə çağırıldığını hiss etdi və beləliklə, ailəsində kolleci bitirən ilk insan oldu. Oradan Quackenbush fizika üzrə fəlsəfə doktoru dərəcəsi aldı və genetikaya keçməzdən və hesablama biologiyasında laboratoriyasını qurmazdan əvvəl nəzəri və eksperimental fizikada tədqiqat apardı. ABŞ hökuməti və elmə ictimai sərmayələr bu səyahəti dəstəklədi, Quackenbush hər gün minnətdar olduğunu söylədi. O dedi: "Bir alim olaraq özümü dünyanın ən şanslı insanı kimi hiss edirəm. Mən həqiqətən maraqlı işlər görə bildim və bunun üçün Amerika vergi ödəyiciləri tərəfindən ödənilmişdir. Cəmiyyət mənə bu sərmayəni qoyub və mənim məsuliyyətim bu sərmayəyə qayıdış təmin etməkdir." Laboratoriya bir zamanlar olduğundan kölgə olduğu üçün bu, indi həmişəkindən daha çətindir. Yeni böyük qrantlar əldə etmək mütləq sürətli bir həll olmaya bilər, çünki özəl fond dolları həmişəkindən daha çox tələb olunur və ictimai qrant müraciətləri bir il və ya daha çox çəkə bilən intensiv və rəqabətli bir prosesdir. Onun hələ də əlində olan pulun çoxu yazda bitəcək dedi. "Bundan sonra nə olacağını bilmirəm." Hələlik laboratoriyanın işləməyə davam edəcəyini söylədi. "Hər gün biz indiki vəziyyətlə mümkün qədər çox mübarizə aparmaq üçün gəlirik. Tədqiqatı davam etdirmək istəyirik. İrəliləyişlər etməyə davam etmək istəyirik" dedi. Və onlar davam edəcəklər, hətta daha yavaş sürətlə olsa da, Quackenbush dedi, bacarmayana qədər.

Xərçəng araşdırmalarına ayrılan federal vəsaitin - 24 saat